房产税与城镇土地使用税似乎是双胞胎，但实际上还是有许多差别，兹缕述如下。
一、免税单位与纳税单位之间无偿使用房产或土地
根据《国家税务局关于印发〈关于土地使用税若干具体问题的补充规定〉的通知》(国税地字〔1989〕140号)文件第一条规定：“对免税单位无偿使用纳税单位的土地，免征土地使用税，对纳税单位无偿使用免税单位的土地，纳税单位应照章缴纳土地使用税。”
而《财政部 税务总局关于房产税若干具体问题的解释和暂行规定》(财税地字〔1986〕8号)第十九条规定：“纳税人在办理验收手续前已使用或出租、出借的新建房屋，应按规定征收房产税。”而《财政部 国家税务总局关于房产税城镇土地使用税有关问题的通知》(财税〔2009〕128号)文件第一条规定：“无租使用其它单位房产的应税单位和个人，按照房产余值代缴纳房产税。”
得出如下结论，免税单位无偿使用纳税单位的土地，该宗土地免税单位与纳税单位均不需缴纳，但是免税单位无偿使用纳税单位的房产，相当于纳税单位无偿出借房屋，由于借入方是免税单位，因此由纳税单位按照房产余值计征房产税。
纳税单位无偿使用免税单位的土地，由纳税单位缴纳土地使用税，而纳税单位无偿租入免税单位的房产，则由纳税单位依照房产余值代缴纳房产税。
二、租用集体土地及厂房
根据《财政部 国家税务总局关于集体土地城镇土地使用税有关政策的通知》(财税〔2006〕56号)文件规定：“实际使用应税集体所有建设用地，但未办理土地使用权流转手续的，由实际使用集体土地的单位和个人按规定缴纳城镇土地使用税。”
假设租用某村集体土地上的厂房进行生产经营，则城镇土地使用税由承租单位缴纳，但厂房的房产税则由出租方缴纳，因为房产税由产权所有人缴纳。
三、房地产企业占地与开发商品房
根据《财政部 国家税务总局关于房产税城镇土地使用税有关问题的通知》(财税〔2008〕152号)文件第三条规定：“纳税人因房产、土地的实物权利状态发生变化而终止房产税城镇土地使用税纳税义务的，其应纳税款的计算应截止到房产土地的实物或权利状态发生变化的当月末。”
因此房地产企业占地期间必须缴纳城镇土地使用税，而其商品房作为存货，在实物或权利状态未发生改变时，不需要缴纳房产税。
四、地下建筑问题
根据《财政部 国家税务总局关于房产税城镇土地使用税有关问题的通知》(财税〔2009〕128号)第四条规定：“对在城镇土地使用税征税范围内单独建造的地下建筑用地，按规定征收城镇土地使用税。”可见如果是地下建筑与地上建筑连为一体的建筑物，则地下建筑占地无需申报缴纳城镇土地使用税，如果缴纳则与地面占地有重复征收之嫌。而根据《财政部 国家税务总局关于具备房屋功能的地下建筑征收房产税的通知》(财税〔2005〕181号)则规定无论地下建筑是否与地上建筑连为一体，均需申报缴纳房产税。
五、融资租赁问题
根据《财政部 国家税务总局关于房产税城镇土地使用税有关问题的通知》(财税〔2009〕128号)第三条规定：“融资租赁的房产，由承租人自融资租赁合同约定开始日的次月起依照房产余值缴纳房产税，合同未约定开始日的，由承租人自合同签订的次月起依照房产余值缴纳房产税。”可见融资租赁的房产由承租方缴纳，那么融资租赁的土地呢?即分期付款，期满后办理土地使用权转移手续，则应仍由拥有土地使用权的出租方申报缴纳城镇土地使用税，除非拥有土地使用权的纳税人不在土地所在地的。
六、纳税期限
城镇土地使用税按年计算，分期缴纳，而房产税虽然规定也是按年计算，分期缴纳，但是对于预收房产租金，则不执行按年计算，分期缴纳规定，而是在预收时即申报缴纳房产税，这项规定也是与增值税出租业采用预收款方式确定的纳税义务发生时间的规定是一致的。