一、增值税
自然人以专利技术出资入股，取得股权形式的经济利益，属于销售无形资产，应按“销售无形资产-专利技术”缴纳增值税，增值税的征收率为1%。
自然人以专利技术出资入股合同可以按技术转让合同认定登记。如果专利技术入股合同经所在地省级科技主管部门进行认定，自然人可持技术入股合同和科技主管部门审核意见证明报主管税务机关备案，自然人以专利技术入股可免缴增值税。
自然人以专利技术出资入股不能享受免缴增值税的，应以缴纳的增值税为依据缴纳城建税、教育费附加、地方教育费附加等附加税费。前述附加税费根据所在省、自治区、直辖市人民政府的规定可以在50%的税额幅度内减征。
主要政策依据：
《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)文件规定，纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务，免征增值税。
《财政部 国家税务总局关于实施小微企业普惠性税收减免政策的通知》(财税〔2019〕13号)第三条规定，由省、自治区、直辖市人民政府根据本地区实际情况，以及宏观调控需要确定，对增值税小规模纳税人可以在50%的税额幅度内减征资源税、城市维护建设税、房产税、城镇土地使用税、印花税(不含证券交易印花税)、耕地占用税和教育费附加、地方教育附加。
二、印花税
专利权转让合同应按“产权转移书据”贴花。自然人以专利技术出资入股，该协议原则上属于专利权转让协议，自然人需要按“产权转移书据”贴花，并根据所在省、自治区、直辖市人民政府的规定可以在50%的税额幅度内减征。
主要政策依据：
《国家税务局关于对技术合同征收印花税问题的通知》(国税地字〔1989〕34号)第一条规定，专利权转让、专利实施许可所书立的合同、书据，适用“产权转移书据”税目。
三、个人所得税
自然人以专利技术出资入股，属于以非货币性资产对外投资。可以选择在一次性缴税;一次性缴税有困难的，也可合理确定分期缴纳计划并报主管税务机关备案后，自发生应税行为之日起不超过5个公历年度内(含)分期缴纳个人所得税;或者选择适用专利技术投资入股递延纳税政策，经向主管税务机关备案，投资入股当期可暂不纳税，允许递延至转让股权时，按股权转让收入减去技术成果原值和合理税费后的差额计算缴纳所得税。
主要政策依据：
《财政部 国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》(财税〔2015〕41号)
《财政部 国家税务总局关于完善股权激励和技术入股有关所得税政策的通知》(财税〔2016〕101号)