(一)票据多，难处理
做账的基本原始凭证就是各种各样的发票，单据。一般纳税人的营业额比小规模纳税人高得多，涉及的票据也比较多，代理单位每个月取得客户的发票后要整理成专业会计凭证是一件不小的工作，将涉及到增值税专用发票的进项票进行认证和抵扣，操作流程比较复杂。
(二)报税流程复杂
小规模纳税人的增值税是按季度进行申报，一般纳税人是按月度进行申报，所以光是这项增值税，申报次数就翻了四倍。并且每次填写的申报表数量也有很大的差距，小规模只要填写增值税申报表、申报表附列材料和免税申报明细，一般纳税人要填写增值税申报表、附列资料表，还有本期抵扣进项税额结构明细表等十多个表格!
(三)做账要谨慎
客户要及时提供每个月的银行对账单、工资明细、各种入账单据等，所以一般纳税人在做账上面的要求也会比较高，现在有进项票抵扣，很多企业都通过买专票进行虚假抵扣，所以税局查的比较严格等。